Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Persada Nabire berdiri di bawah naungan Yayasan Pendidikan Persada Nabire yang didirikan pada tanggal 27 November 2012 berdasarkan akta notaris nomor 400 yang dikeluarkan oleh notaris Mardiana Kadir SH, sebelumnya Yayasan Pendidikan Persada Nabire telah mengajukan 3 Program Studi untuk dibuka yang terdiri dari, Prodi S1 Gizi, Prodi D III Analis Kesehatan dan Prodi D III Rekam medik. Pengajuan tersebut dimulai dari Tahun 2015, dan terus saja dilakukan revisi dan dimintai perbaikan dokumen oleh Kemenristekdikti karena terkendala pada sumber daya manusia untuk pembukaan 3 prodi tersebut, sampai pada akhirnya Yayasan Pendidikan Persada Nabire berfokus pada pengajuan 1 Program studi saja yakni S1 Gizi dan kembali memulai pengajuan pada September 2018, berdasarkan pengajuan tersebut akhir Desember 2018 dilakukan Visitasi oleh Tim Evaluator Kemenristekdikti dan hasilnya mendapatkan persetujuan pembukaan Prodi S1 Gizi yang merupakan satu satunya Prodi S1 Gizi Di Propinsi Papua dan Papua Barat dengan Surat Keputusan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 220/KPT/I/2019 dengan akreditasi minimum dari Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes). Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Persada Nabire khususnya Program Studi S1 Gizi diharapkan dapat menjadi ujung tombak perbaikan gizi di tanah papua dan papua barat, mengingat banyaknya kasus dan permasalahan gizi yang terjadi pada masyarakat.